Минфин РФ в своем письме № 03-11-06/2/142 от 31.07.2009 поясняет необходимость организации, применяющей УСН, включать в состав доходов денежные средства, поступившие в качестве целевого финансирования на основании государственного контракта, по которому компания обязуется выполнить научно-исследовательские работы, а Федеральное агентство по науке и инновациям обязуется принять и оплатить выполненные работы за счет средств федерального бюджета.

В этой связи ведомство отмечает, что средства, полученные организацией от федерального агентства на реализацию государственных контрактов, включаются в налоговую базу по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН.